一、项目基本情况

1.项目名称：蛋白数据分析服务

2.项目编号：EBS26081400002

3.项目地点：金凤实验室

4.采购方式：询价

二、采购内容

三、商务要求

1.供货时间：签订合同后30日内完成全部实验以及数据分析工作并完成验收。

2.供货/服务地点： 重庆高新区金玥路313号金凤实验室；

3.付款方式：交付结题报告并且验收合格后办理结算，办理正式结算后一次性支付全部货款。

4.项目总限价：报价总价不得高于199688元限价。报价为综合包干价格，包含所有设备费、软件费、安装费、检测费、差旅费、运费、材料费、税金等，采购人不再另行支付其他费用。

四、项目要求

乙方应基于采购人提供的蛋白质组学原始数据、鉴定定量结果、蛋白表达矩阵及相关临床/表型信息，提供覆盖数据核验、质量控制、数据清洗与标准化、统计分析、功能与通路分析、深度数据挖掘、临床关联、统计建模、机器学习、外部验证、机制整合及科研级成果交付的蛋白质组学生物信息学分析服务。

分析方案应根据采购人实际科研问题和实验设计进行定制，不得仅提供固定模板或软件自动生成报告。

项目具体要求：

 （一）数据接收与质量评估

1. 对436个样本的数据文件、样本编号、分组信息及临床/表型信息进行完整性和一致性核验。

2. 对蛋白鉴定数量、定量完整度、缺失值比例、样本间相关性、数据分布及异常样本进行系统评价。

3. 开展 PCA、层次聚类及必要的批次效应分析，识别异常样本、潜在混杂因素及批次偏倚。

4. 对发现的数据异常、样本异常或信息不一致情况形成问题清单，并提出处理方案。

 （二）数据清洗与标准化

1. 根据数据类型完成污染蛋白、反向序列、低可信蛋白及其他不适宜分析项目的过滤。

2. 开展数据转换、归一化、缺失模式评估及必要的缺失值处理。

3. 根据实验设计和数据特点进行必要的批次效应评估与校正。

4. 对处理前后数据进行比较，确保数据清洗及标准化过程可追溯。

5. 所有数据处理方法应提供明确依据，不得未经评估直接进行大规模数据填补或人为修改。

 （三）基础统计与差异分析

至少完成：

 蛋白鉴定及定量统计；

 样本相关性分析；

 PCA及层次聚类；

 异常样本识别；

 组间及配对差异蛋白分析；

 Fold Change、P value及FDR/q value计算；

 差异蛋白火山图、热图、箱线图/小提琴图及表达趋势分析。

对于配对、多因素、重复测量或存在临床混杂因素的数据，应采用与研究设计相匹配的统计模型，并根据需要对年龄、性别、批次及其他临床因素进行校正。

 （四）功能与通路分析

根据研究问题开展：

 GO功能富集；

 KEGG通路分析；

 Reactome通路分析；

 Hallmark基因集分析；

 ORA及GSEA；

 GSVA/ssGSEA或功能模块评分；

 PPI蛋白互作网络分析；

 关键功能模块及通路筛选。

功能解释应综合蛋白变化方向、效应量、统计显著性及功能关系，不得仅根据单一富集P值形成结论。

 （五）深度数据挖掘

根据采购人科研需求开展：

1. 蛋白共表达及功能模块分析；

2. WGCNA网络分析；

3. NMF、Consensus Clustering等无监督分型；

4. 分子亚型及亚型特征蛋白筛选；

5. pathway/module score构建；

6. 关键蛋白及网络中心节点筛选；

7. biomarker/signature筛选；

8. 候选蛋白与临床/病理表型相关分析；

9. 多因素校正及潜在混杂因素分析；

10. 根据实际科研问题开展其他定制化分析。

 （六）统计建模与机器学习

根据研究目的采用 LASSO/Elastic Net、随机森林、SVM、XGBoost 或其他适宜算法开展特征筛选及预测模型构建。

模型应采用交叉验证、Bootstrap、训练集/验证集划分或独立验证等方式评价稳定性，并严格避免信息泄漏及过拟合。

分类模型原则上提供：

ROC/AUC、PR-AUC、灵敏度、特异度、准确率、混淆矩阵及必要的校准评价。

涉及生存结局时，根据数据条件开展：

Kaplan-Meier、Cox回归、C-index及time-dependent ROC等分析。

 （七）关键蛋白及机制整合

对重要候选蛋白开展相关性、共表达、功能富集、PPI网络、网络拓扑及临床表型关联分析，构建：

关键蛋白 → 功能模块 → 生物学通路 → 表型/临床特征

的多层级关联链路。

分析不得停留于“差异蛋白+单条通路”，应结合多个统计和功能分析层级筛选稳定、具有生物学解释能力的候选蛋白及机制。

 （八）外部数据验证

对于重要关键蛋白、signature、分子亚型或预测模型，在公开数据条件允许的情况下，应利用公开蛋白质组学数据库、独立公共队列或其他适宜外部数据进行验证。

必要时可结合公开转录组、单细胞组学等数据开展跨组学支持性验证，并评价发现队列与验证队列的一致性和稳健性。

 （九）分析深度要求

整体分析应形成完整科研逻辑：

数据质控 → 差异发现 → 稳定特征筛选 → 功能模块解析 → 通路及网络分析 → 关键蛋白筛选 → 临床/表型关联 → 模型构建 → 内部/外部验证 → 生物学机制整合。

最终结果应能够支持科研论文撰写、课题研究、候选标志物筛选及后续实验验证。

 （十）成果交付及技术服务

乙方至少应交付：

1. 数据质量评估及异常样本报告；

2. 清洗前后及标准化后的蛋白定量矩阵；

3. 全部差异分析及统计结果表；

4. GO、KEGG、Reactome、GSEA、PPI等功能分析结果；

5. 深度数据挖掘及临床关联分析结果；

6. 统计模型及机器学习模型结果；

7. 外部验证及机制整合结果；

8. 全部图件对应的源数据；

9. PDF/SVG矢量图及≥300 dpi高清TIFF/PNG图；

10. 软件名称、版本、数据库版本及关键分析参数；

11. R/Python分析脚本或等效可复现分析流程；

12. 完整项目分析报告及方法学说明。

项目常规分析完成后，应根据采购人科研需求提供不少于3轮个性化数据分析、结果复核或图表优化服务。

 （十一）验收及数据安全

1. 436个样本的数据对应关系、质控、统计及高级分析结果应完整。

2. 核心分析结果应能够追溯至原始输入数据，分析方法、参数及流程具有可重复性和可复现性。

3. 深度分析、模型构建、外部验证及个性化分析应达到约定要求，不得以常规自动化分析报告替代。

4. 因乙方数据处理、统计方法、程序代码或分析流程错误造成的不合格结果，应免费重新分析或修正。

5. 项目产生的分析数据、图表、模型及衍生结果归采购人所有；未经采购人书面许可，不得向第三方披露、转让或用于其他研究、商业数据库及算法/人工智能模型训练。

五、供应商资格要求

符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条资格条件：

1.具有独立承担民事责任的能力。

2.具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度。

3.具有履行合同所必需的设备和专业技术能力。

4.有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录。

5.参加政府采购活动前3年内，在经营活动中没有重大违法记录。

6.法律、行政法规规定的其他条件。

六、询价日程安排

1.询价发布时间：2026年8月26日16：00

2.询价截止时间：2026年8月31日16：00

供应商应在报价截止时间之前将报价清单及相关附件（需加盖公章后彩色扫描）加密压缩为 zip 格式，仅将加密压缩包发送至金凤实验室采购邮箱jfsys-caigou@jflab.ac.cn，邮件正文中不得填写解压密码及项目报价金额，否则作为无效报价处理。密码待截止时间后按采购人邮件通知另行回复。报价截止时间前未报价者视为自动放弃。邮件主题严格按照格式填写：【项目全称】+ 供应商完整单位名称 + 报价文件，主题填写错误，导致采购人无法识别归类、邮件被系统误判垃圾邮件的风险，由供应商自行承担。

七、报价文件要求

1.供应商报价文件应包含以下附件（详见第二部分）：

（1）报价函

（2）报价清单

（3）法定代表人资格证明书（报价人若为授权代表需同时提供法定代表人授权书）

（4）声明书

（5）承诺书

（6）营业执照或其他组织主体证明文件

2.报价人应当准备加盖鲜章报价文件一份（PDF）发送至邮箱，报价文件须清晰可见，否则视为无效报价。

3.报价文件应根据《采购公告》的要求制作，报价文件需由报价人的法定代表人或其授权代表在规定签章处签字和盖章，签署、盖章和内容应完整，如有遗漏，将自行承担被视为无效报价的风险；

4.报价文件书写应清楚工整，任何行间插字、涂改或增删，必须由报价人的法定代表人或其授权代表签字或盖个人印鉴。字迹潦草、表达不清或可能导致非唯一理解的报价文件视为无效报价。

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